中國科學院水生生物研究所是全國較早被批準建立博士后流動站的單位之一。1991年6月，經國家批準，水生生物研究所正式設立生物學博士后科研流動站；2014年9月，獲批新設環境科學與工程博士后科研流動站。2023年10月，獲批新設水產博士后科研流動站。截止到2023年12月底，累計招收和培養博士后研究人員376人。當前在站博士后112人，其中與企事業單位博士后科研工作站及博士后創新實踐基地聯合招收博士后32人。 

　　水生生物研究所的博士后培養工作對促進國內外相關學科方向的學術交流和高水平人才的培養起到了非常積極的作用，同時也通過與企業聯合招收的方式積極推動了相關行業的產研合作，近年來合作的企事業單位包括：長江水利委員會長江科學院、中國長江三峽集團公司、中國市政工程中南設計研究總院有限公司、江西省生態環境科學研究與規劃院、上?？睖y設計研究院、廣東海大集團有限公司、中交第二航務工程勘察設計院有限公司、中國水產科學研究院黑龍江水產研究所、廣東海洋大學深圳研究院、江西省水利科學研究院、西藏自治區農牧科學院、江西金達萊環保股份有限公司、武漢市農業科學技術研究院、江蘇省海洋資源開發研究院（連云港）、上?？萍拣^、鱘龍水產食品科技開發有限公司、深圳大學高新技術等20余家。