水生生物所始終站在學科發展前沿，根據國家需求，在水生態環境保護和漁業可持續發展等方面取得了一系列重要的科研成果，產生了廣泛的社會影響，取得了重大經濟、生態及社會效益。

　　水生生物研究所自成立以來，共取得各類科研成果近600項；自1981以來有130多項榮獲國家和省部級獎勵。編著出版專著120多部，發表論文近4000余篇。

　　自2001年進入中國科學院知識創新工程試點以來，我所共發表SCI收錄論文953篇，獲得省部級及以上科技獎勵20項，其中國家科技進步獎2項，省部級一等獎5項，省部級二等獎6項。同時，還主持編寫出版專/編著41本，獲授權專利75項（其中發明專利60項，實用新型15項）。