水生所的所徽由抽象的水生動物、水生植物組成的“水生”字樣及中國科學院水生生物研究所中、英文名稱組成，該徽既是水生所名稱的代表，又簡單地概括了水生所的研究領域。圖案中左側“SSS”既是漢字“水”的象形寫法，也是“水生所”漢語拼音（Shui Sheng Suo）的字首字母，同時又象征著水生所科技工作者所踏遍的江河，最左邊的“S”與左下方黑點及圓的邊緣一起，組成一“魚”形，又象水中的低等生物；右側的植物形象組成“生”字，也代表了水生所在植物學領域的研究工作?！八焙汀吧彼淼纳镏g相互連接，象征著水生所多學科的綜合優勢以及各學科之間的有機融合。有水有草，生物多樣，也正是水生所廣大科技工作者多年奮斗的目標——和諧平衡的水生生態環境。
